Alle orale mikrober skal sekvenseres

I de åtte årene som er gått etter at første bakterielle kromosom ble fullstendig sekvensert er mer enn 130 bakteriegenomer blitt beskrevet. Mer enn 120 liknende prosjekter pågår. Den informasjonen som finnes i genomene benyttes allerede intenst i søken etter nye antibiotika, vaksiner og markører for patogenisitet.

Den 23. Juni 2003 annonserte tidsskriftet Nature at The Institute for Genomic Research (TIGR) i Maryland og Stanford University i California nå har startet tre nye, store prosjekt (http://www.nature.com/nsu/030616/030616-21.html). De vil sekvensere hele genomet til alle bakterier som finnes i munnhulen, gastrointestinaltrakten og i vagina hos mennesker. Siden mange bakterier enda ikke lar seg dyrke, er disse floralne fortsatt stort sett ukjente. Ved å analysere kromosomsekvensene til mikrobene håper de å kunne beskrive den totale bakterieflora i detalj. Videre forventes det at prosjektene kan vise hvilke kombinasjoner av mikrober som gir sykdom og hvilke som opprettholder friske forhold i kroppen vår.

Prosjektlederene Karen Nelson og Steve Gill forteller at de allerede har startet å sammenlikne alle genom som finnes i dentalt plakk hos friske personer og pasienter med marginal periodontitt. De fleste studier før dette har valgt å studere kun få bakterier og små deler av disses kromosom. Dette er den første undersøkelse av komplette genom i komplette floraer foretatt noensinne og er en kjempestor oppgave. Så langt har Nelson og Gill med medarbeidere funnet at over 40 % av genene de har identifisert i plakk er ukjente. Så snart alle mikrobene er karakterisert håper forskerene det kan lages diagnostiske gen-chips. Slike chips kan inneholde prober mot alle bakterier i munnen og kan benyttes i undersøkelser for tilstedeværelse av flora som er karakteristisk for syke eller friske områder.